病毒与免疫学因素可能是孤独症致病原因之一。病毒可能潜伏在中枢神经系统内，把其DNA整合到宿主的DNA上，翻译出异常蛋白质，作为异体抗原，它们可能刺激机体的免疫系统，进行免疫应答。一方面病毒可能损害胎儿的中枢神经系统和免疫系统功能；另一方面．机体的免疫系统缺陷增加了病毒感染的机会，对病毒进行应答，作为免疫应答主要成分的淋巴细胞就会产生反应，其中可能会出现形态异常的细胞或增生活跃的细胞。免疫系统在病毒的刺激下，通过神经一内分泌一免疫中介系统引起各种激素和神经肽的分泌，调节内分泌和神经系统的功能。通过它们的相互调节和相互制约，可维持内环境的稳定。某些情况下，如在子宫内或婴幼儿期感染病毒引起大脑损伤，使神经系统的调节功能障碍，则神经一内分泌一免疫之间的协调性破坏，造成内环境失衡，会产生神经发育异常甚至精神症状。

　　有关孤独症病毒免疫学研究国外始于20世纪70～80年代，近几年有所发展。目前盛行的假说有病毒持续性感染学说和自身免疫学说。